1441年（嘉吉元年）、芳井町の天神山に開かれた臨済宗仏通寺派のお寺です。重玄寺を開いた千畝和尚（せんみょうおしょう）は近衛家の生れといわれ、天皇家、近衛家ゆかりの宝物が今に伝えられています。
また重玄寺は室町時代に活躍した画僧・雪舟が亡くなった場所と伝えられており、跡地には「雪舟終焉」の碑が建てられています。